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武汉病毒科研让更多人认识BioRxiv平台及论文预印本发布

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发表于 2020-2-14 15:01:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
 最近,有关武汉冠状病毒的科学研究成果陆续发布,很多小伙伴注意到,很多文章都是发布在bioRxiv上,这并不是传统意义上的期刊,也没有影响因子。大家知道一稿多投是学术不端的行为。学术期刊接收研究论文的一个基本前提是唯一性,即一个稿件不能同时提交给两个杂志去评审,更不能把同样的文章在两个杂志上发表;简称为“一稿不能两投”。《自然》(Nature)和《科学》(Science)等著名期刊甚至还有一项针对其拟登载文章的新闻报道进行管理的“禁发令”,即与某篇文章相关的新闻稿在杂志的指定时间之前不得发布。

  但预印本的出现打破了这个游戏规则,即研究者先把未经评审的学术论文通过网络直接发布在一个开放平台上,供广大用户免费访问和使用;同时这些预印本论文又可以提交给学术期刊,通过同行评审后作为正式文章发表。最早的预印本平台是美国Los Alamos国家实验室在1991年建立的“arXiv.org”(https://arxiv.org/);目前该平台拥有的论文数量已超过140万篇。中国近年来也成立了多个“预印本”平台,例如“中国科学院科技论文预发布平台,ChinaXiv.org”(http://chinaxiv.org/)于2016年1月开始接受研究论文,到2018年的三年时间内已有稿件1万1千多篇。最初的预印本文章主要集中在物理学和数学等理论科学领域,但如今实验科学领域也有了自己的预印本平台,其中最著名的是美国冷泉港实验室在2013年建立的生命科学预印本平台“bioRxiv”(https://www.biorxiv.org/)。预印本目前已经涉及到自然科学和社会科学的方方面面。

 简单介绍一下BioRxiv: 它由非营利的研究和教育机构冷泉港实验室在2013年发起并运维,将其作为一种促进学术交流的方法,目前只接收英文手稿。由于不需要同行评审,所以耗时短。只要你的文章通过了攻击性和/或非科学性、剽窃抄袭等基本筛查即可发表。BioRxiv不是杂志,所以没有影响因子。当你将手稿提交到BioRxiv后,你可以收到同行的反馈意见。手稿可以在提交杂志之前或杂志评审阶段发布在BioRxiv上,但如果已被杂志接收,则不应发布。在期刊正式接受文章之前,作者可以随时通过点击作者区域内的“提交修订”来提交文章的修订版本。一旦发布到biorxiv上,文章就可以引用,因此无法删除。

BioRxiv有如下几点优势:

1)可以尽早地公开自己的发现,当你的手稿在线发表在BioRxiv后,BioRxiv会显示发表时间,这可以避免以下尴尬:在这漫长的投稿-发表过程中,你的竞争者捷足先登,在杂志上发表了和你类似的发现,这可能会打乱你原来的发表计划,转投其他杂志,或者再补充新的数据超越前者。而BioRxiv因为其时效快,48小时内即可显示,可以作为先后顺序的证据,或引导你和竞争者背靠背发表。

2)发表在BioRxiv上的文章也可以作为申请基金或者岗位的筹码,大多数研究资助者开始将预印本“合法化”。目前,英国医学研究理事会、NIH以及霍华德·休斯医学研究所都鼓励受资助者在基金申请书中引用预印本,而不只是经过同行评议的论文。陈和扎克伯格基金会(CZI)甚至要求受资助者在论文被提交给期刊的同时发表预印本。

不论是商业性的或非盈利的出版社,最初均不欢迎预印本的到来。《自然》等各种科学期刊当时都表达了对IEG的强烈反对;《科学》的一位编辑甚至称IEG 的文章是“政府下属部门的低劣作品”。1966年末,13种生物化学期刊共同禁止接受在IEG 分享过的文章;在IEG 的首位领导者格林(Green,D)看来,这是科技期刊集体扼杀科学交流史上最具革命性的创新活动[1]。NIH不久就关闭了IEG,主要理由是不能继续承担其复印费用。到了1999年,时任NIH 院长的瓦莫斯(Varmus,H)博士曾提出一项由NIH 资助的预印本服务项目“E-biomed”,可这一设想很快又被出版商再一次扼杀。但是,“青山遮不住,毕竟东流去”,今天的科技出版界最终还是接受了预印本,“bioRxiv”甚至成了《科学》杂志2017年度十大“科技突破”新闻之一。“中国科学院科技论文预发布平台”收集了近2万6千种国际学术期刊的预印本政策,其中绝大多数期刊都接受预印本形式,包括《细胞》、《自然》和《科学》等著名学术期刊;只有1千7百多种刊物拒绝接受预印本,不到这些期刊总数的7%。

当今在物理和数学等理论学科中,预印本平台的地位可以说在某种程度上已经超越了传统的科技期刊。在2017年的Google Scholar h5-index的计算机视觉领域排名中,arXiv位列第二。研究者目前通常会把自己的研究成果首先在预印本平台上发布,例如英国数学家阿蒂亚(Atiyah, M)在2018年9月以预印本形式发布了证明黎曼猜想的论文。与此同时,预印本平台也成为科研人员了解物理和数学等学科的最新研究进展和动态的主要途径。当前,大约80%被引用量最多的物理和数学期刊论文都可以在arXiv上找到相应的预印本文稿。据统计,自arXiv成立以来,几乎所有发表在高能物理学期刊上的文章都在arXiv的高能物理学板块中以预印本的形式发布过。

作为当下生物领域最大的预印本发行服务,BioRxiv的流行度如何呢?哪个专业的文章发表最多呢?发表在BioRxiv上的文章最终发表在哪些杂志上了?这些文章的引用率和下载量如何呢?明尼苏达大学的Ran Blekhman 和Richard J.Abdill就这些问题对2013-2018年11月的37,648篇文章进行了数据分析,他们发现发表在BioRxiv的文章量呈逐年逐月递增趋势,下载量也成递增趋势,同时选择发表在BioRxiv的作者数目也在增加。其中2018年投稿数目为18,825,比之前四年的总合还多,这里面神经科学和生物信息学方向的文章数目和比重最高,分占一二席。单2018年10月就有2,000投稿量。下载量方面,单篇文章的下载量中位数是279,其中基因组学的单篇下载量中位数最高,为496,但由于神经科学文章量最多,使其在下载总量方面于2018年10月首次超过生物信息学。目前已有十万六千多作者在BioRxiv上投稿,2018年新增了84,000作者。这些数据都显示 BioRxiv越来越被认可。

同行评审是现代学术交流的基石,被公认为是科技期刊判别研究论文的科学价值和保障文章学术质量的重要手段;而研究人员通常也不会去引用未经同行评审的研究论文。但是,预印本的出现打破了这个传统。在预印本的发布过程中,研究者把其文稿发送到特定的预印本平台,该平台只是检查一下文稿内容是否符合相应的科研领域,然后就可在一两天之内在线发表,免费供人阅读和随之而来的引用。也就是说,研究者的文稿在没有经过同行评审的情况下能够以预印本的形式用于学术交流。

  显而易见的是,没有同行评审的预印本模式与学术期刊相比,其知识传播速度大大加快了。但比文章发表速度加快更为重要的是,没有同行评审的预印本模式改变了当今的学术生态。在科学建制化的今天,随着在科技期刊上发表研究论文成为职业研究者的主要目标——“不发表就玩完”(publish or perish),期刊的审稿人也获得了很大的学术权力,可以决定文章的“生死”,有时也难免出现利益冲突。而权力和利益自然衍生出了一系列问题。《科学》子刊《Science Signaling》的亚法(Yaffe MB)主编在一篇讨论同行评审的文章中就列举了审稿人常见的6个问题,并提醒审稿人:“我们应该去帮助一项工作得到发表,而不是去努力阻止它发表”。预印本的出现从根本上把发表文章和进行学术交流的权力还给了作者。

导致预印本“迭代”的深层次因素是科学交流价值观的改变。随着当前整个社会的生活节奏加快以及功利化程度的加深,科学研究也进入到了一个快速变化和充满竞争的时代,研究者时刻都在渴望着出成果。把阶段性的研究结果及时地报道出来已经成为科学共同体乃至全社会所认可的知识传播方式,其中最具代表性例子也许就是2001年2月《自然》和《科学》分别发表的“人类基因组草图”,该草图大约覆盖了人类基因组的90%左右。国际人类基因组测序联合体到了2003年4月才正式宣布人类基因组全图绘制成功,2004年10月才在《自然》杂志上发表相应的论文。可以说,预印本的“迭代”策略就是这种新的科学传播理念的典型代表。从预印本的“设计”来看,一方面通过及时发布研究论文的早期版本让研究人员和社会提前关注相关的研究成果,并在一定程度上避免了研究工作的重复;另一方面则随着研究工作的进展实时地更迭文章的版本,以尽可能保证预印本论文的科学性和完备性。

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